Pengadilan Agama Wonosobo merupakan salah satu pelaksana kekuasaan kehakiman pada tingkat banding bagi para pencari keadilan yang beragama Islam mengenai perkara perdata khusus sesuai dengan Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 yang diubah dengan  Undang-Undang Nomor 3 tahun 2006 dan kedua diubah dengan Undang-Undang Nomor 50 tahun 2009. Pengadilan Agama Wonosobo terletak di Wilayah yurisdiksi Pengadilan Tinggi Agama Semarang meliputi 15 (lima belas) Kecamatan di Kabupaten Wonosobo.

Secara khusus pembagian wilayah hukum Pengadilan Agama Wonosobo dapat dilihat sebagai berikut :

1. Kecamatan Wadaslintang terdiri dari 17 kelurahan/desa detail;
2. Kecamatan Kepil terdiri dari 21 kelurahan/desa detail ;
3. Kecamatan Sapuran terdiri dari 17 kelurahan/desa detail ;
4. Kecamatan Kalibawang terdiri dari 8 kelurahan/desa detail ;
5. Kecamatan Kaliwiro terdiri dari 21 kelurahan/desa detail ;
6. Kecamatan Leksono terdiri dari 14 kelurahan/desa detail;
7. Kecamatan Sukoharjo terdiri dari 17 kelurahan/desa detail ;
8. Kecamatan Selomerto terdiri dari 24 kelurahan/desa detail ;
9. Kecamatan Kalikajar terdiri dari 19 kelurahan/desa detail;
10. Kecamatan Kertek terdiri dari 21 kelurahan/desa detail;
11. Kecamatan Wonosobo terdiri dari 20 kelurahan/desa detail ;
12. Kecamatan Watumalang terdiri dari 16 kelurahan/desa detail;
13. Kecamatan Mojotengah terdiri dari 19 kelurahan/desa detail;
14. Kecamatan Garung terdiri dari 15 kelurahan/desa detail ;
15. Kecamatan Kejajar terdiri dari 16 kelurahan/desa  detail;