Pengadilan Agama Wonosobo sejak berdiri menempati serambi Masjid Al-Manshur di Jl. Dieng, Kauman Utara Wonosobo dalam melaksankan sidang dari tahun 1950 sampai tahun 1980, lalu pada tahun 1980 akhir menempati gedung di Jl. Argopeni No. 11 Wonosobo sampai dengan tahun 2004 dan selanjutnya tekahir pindah lagi di Jl. Mayjend Bambang Sugeng Km.3 Wonosobo dengan menempati Gedung Baru yang diresmikan pada tanggal 15 Juni 2005 oleh Ketua Mahkamah Agung Republik Indonesia, Prof. DR. Bagir Manan, S.H., MCL.

Berikut ini nama-nama yang memimpin Pengadilan Agama Wonosobo sejak berdirinya sampai sekarang, yaitu :

1. Pada tahun 1945 – 1955 diketuai oleh KH. ABDUL KHOLIQ.
2. Pada tahun 1956 – 1966 diketuai oleh K. TAMLICHO.
3. Pada tahun 1967 – 1972 diketuai oleh K.H. BUSERI.
4. Pada tahun 1973 – 1975 diketuai oleh K.H. AFIF.
5. Pada tahun 1976 – 1977 diketuai oleh K. IDRIS
6. Pada tahun 1977 – 1980 diketuai oleh K.H. QOMARI
7. Pada tahun 1980 – 1984 diketuai oleh K.H. MIFTAH IDRIS 
8. Pada tahun 1984 – 1988 diketuai oleh Drs. H. MUKROM
9. Pada tahun 1988 – 1999 diketuai oleh H. NIKUN PRIYONO, S.H
10. Pada tahun 1999 – 2000 diketuai oleh H. SUMARNO, S.H
11. Pada tahun 2000 – 2002 diketuai oleh Drs. H. MAFRUCHIN ISMAIL, S.H
12. Pada tahun 2002 – 2006 diketuai oleh Drs. H. MIFTAHUDIN, S.H.
13. Pada tahun 2006 – 2007 diketuai oleh Drs. H. MUH. HIDAYAT, S.H. M.Hum.
14. Pada tahun 2007 – 2009 diketuai oleh Drs. H. MUHDLOR SYAFI’I
15. Pada tahun 2009 – 2010 diketuai oleh Drs.H.SYAHIDI, SH.MSI.
16. Pada tahun 2010 – 2012 diketuai oleh Drs.H.ZAENAL HAKIM, SH
17. Pada tahun 2012 – 2014 diketuai oleh Drs.H.MALIK IBRAHIM, SH.MH.
18. Pada tahun 2014 – 2017 diketuai oleh Drs.H.TAHRIR
19. Pada tahun 2017 -2020  diketuai oleh Drs. MUH. ZAINUDDIN, S.H, M.H.
20. Pada tahun 2020-2021 Diketuai oleh Drs. H. SUYUDI, M.Hum.
21. Pada tahun 2021- 2022  Diketuai oleh Drs. SUBROTO, M.H.
22. Pada tahun 2022-sekarang Diketuai oleh Drs. H. ABD MALIK, S.H., M.S.I.

Itulah sekilas sejarah terbentuknya Pengadilan Agama Wonosobo yang menjadi salah satu peradilan sebagai pelaksana kekuasaan kehakiman di Indonesia yang bertempat di wilayah Kabupaten Wonosobo.

Berita Acara Serah Terima Pengalihan Organisasi Admisistrasi