Struktur organisasi Pengadilan Agama Wonosobo mengacu pada Undang-undang Nomor 7 tahun 1989 tentang Peradilan Agama, Surat Keputusan Ketua Mahkamah Agung Nomor KMA/004/II/92 tentang organisasi dan Tata Kera Kepaniteraan Pengadilan Agama dan Pengadilan Tinggi Agama, KMA Nomor 5 Tahun 1996 tentang Struktur Organisasi Peradilan, dan Peraturan Mahkamah Agung Nomor 7 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kepaniteraan dan Kesekretariatan Peradilan.